Organizační audit velmi úzce souvisí s auditem procesním - organizační struktura je podmíněna organizací prací a procesů. Vztah je pak reciproční, tj. výsledky procesního auditu mohou vést ke změnám ve struktuře organizace a výsledky auditu organizačního mohou naopak iniciovat změny v organizaci a příslušných procesech.
Hlavním cílem organizačního auditu je tedy posouzení organizační struktury s cílem odhalení silných a slabých stránek a následná optimalizace vedoucí k zlepšení organizační struktury.
Smyslem realizace organizačního auditu je zejména: